内生性问题是计量模型中另一个难以回避的问题，同样十分常见且难以处理。
我们知道计量模型主要研究因果关系，即解释变量是因，被解释变量是果。然而，大部分经济变量之间的关系往往是相互的因果关系，尤其在宏观经济变量中，这将导致估计结果有偏。比如经济增长了，人们收入也会提高，从而消费更多；整个社会消费提高又会促进经济增长，这属于反向因果问题。
另外，当研究上大学是否能够提高工资收入的问题时，可以选择上大学的人和没上大学的人作为样本，通过比较其工资差异进行研究。这样做直观上感觉没有问题，但是仔细分析，会发现上大学的人可能是因为本身比较聪明才考上了大学，并不是因为上大学才使其工资收入提高，即使他们没上大学，工资也可能较高（因为聪明啊）。这属于选择偏差问题。
工具变量法可以用来解决内生性问题，其思路是找到一个和内生解释变量相关且与随机扰动项不相关的变量（就是和被解释变量不相关），然后在模型估计的中间步骤用工具变量替换内生解释变量，从而估计出内生解释变量对被解释变量的影响程度（可以把这个过程看成一个黑匣子，我们不关心）。